El Sri Chaitanya Saraswat Math fue comenzado en 1941 en Navadwip por Srila Sridhar Maharaj, quien era un discípulo de Srila Bhakti Siddhanta Saswati Prabhupada, quien a su partida dejo la Gaudiya Math. Sin embargo, Srila Guru Maharaj abandono la misión de su Guru, y se retiro a vivir una vida solitaria. Así, sus hermanos espirituales se abocaron en su búsqueda para llevarlo a formar una nueva misión de predica. Srila Guru Maharaj participo en varias actividades de predica. Fue en esa época que Sripad Sakhi Babu le ofreció a Srila Guru Maharaj comprar algunas tierras, el era un gran discípulo de Srila Bhakti Siddhanta Saraswati Prabhupada.

Y fue él quien le dijo a Srila Guru Maharaj, "si tu escoges un pedazo de tierra yo te daré el dinero para comprarlo". De esta manera para su Bhajan asram Srila Guru Maharajá escogió esta tierra donde el Sri Chaitanya Saraswat Math ahora esta. Al principio su área era un acre. Después de la compra de esta tierra en 1941, Srila Guru Maharaj hizo una casa de paja, y en el Rathayatra de ese año él entro en este Math.

Debido a que la Misión de Srila Bhakti Siddhanta Saswati Prabhupada era la Gaudiya Math, muchos de sus discípulos incluyeron Gaudiya en el nombre de sus misiones. Pero Srila Guru Maharaj lo pensó de otra manera. Nuestra Sampradaya comenzó, de hecho, con Sri Chaitanya Mahapraphu y esta corriendo bajo su dirección divina. Aunque somos Brahma Madhava Gaudiya Sampradaya, la concepción real del raganuga-bhakti es que primero fue mostrada por Madhavendra Puri, el 'Gran Guru' de Sri Chaitanyadeva. Allí, la concepción estaba en forma de semilla, pero se manifestó en la forma de un árbol en Sri Chaitanya Mahaprabhu. Por ende, teniendo en mente la identificación central de nuestra sampradaya, Srila Guru Maharaj incluyo el nombre Sri Chaitanya en el nombre de este math. El nombre del Guru de Srila Guru Maharaj era Srila Bhakti Siddhanta Saraswati Prabhupada, por eso para cubrir de comienzo a fin la identificación de la sampradaya completa Srila Guru Maharaj uso el nombre Sri Chaitanya Saraswat Math como el nombre de su misión y su templo.

Srila Guru Maharaj personalmente escogió y compro un Bambú muy largo, fuerte y costoso y desde el primer día de su estadía el hizo una bandera en ese alto bambú en el punto donde ahora se erige el templo.

Cuando Srila Guru Maharaj entro, su Deidad era Giridharijiu, la cual el había traído de Vrndavan. Él escogió este sitio por numerables razones. La primera era que es aparadha-bhanjan-pat, Koladwip: el sitio donde las ofensas de aquellos que se rinden son vencidas. Otra Razón para establecer este Math aquí era que no solo es aparadha-bhanjan-pat, sino que también este es Giriraj Govardhan, Gupta Govarddan (la colina de Govardhan escondida).

Así, progresivamente, y con la ayuda de muchos Vaisnavas la construcción del templo, la cocina, y los asram empezaron, y a la llegada de Srila Govinda Maharaj a los siete días ya Srila Guru Maharaj le había participado a muchos devotos que el habría de ser su sucesor. En la época en que empezó el Sri Chaitanya Saraswat Math, Srila Guru Maharaj escribió el siguiente sloka.

Un día su hermano espiritual Sakhi Babu, después de escuchar este verso, le dijo a sus otros hermanos espirituales "Srila Guru Maharaj no tiene nada excepto una casa de paja, sin embargo el ha erigido un bambú muy alto con una bandera en la punta, y luego ha compuesto este sloka!" pero Srila Guru Maharaj le dijo "ya veras en el futuro lo que estará aquí". Y luego el vino a ver lo que se manifestó, tal como lo hemos visto todos.

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